Balkan Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi’nin amacı; Balkan coğrafyasına ilişkin tarihsel, siyasal, sosyal, kültürel ve ekonomik alanlarda bilimsel araştırmalar yürütmek; disiplinlerarası yaklaşımla nitelikli ve özgün bilgi üretmek; üretilen bilgiyi ulusal ve uluslararası akademik platformlarda paylaşarak bilim dünyasına katkı sağlamaktır. Merkez ayrıca, Türkiye ile Balkan ülkeleri arasında akademik, kültürel ve kurumsal iş birliğini geliştirmeyi; ortak araştırma projeleri, bilimsel etkinlikler ve uygulama faaliyetleri aracılığıyla bölgesel akademik etkileşimi güçlendirmeyi ve barış, karşılıklı anlayış ile sürdürülebilir iş birliğine katkı sunmayı amaçlamaktadır.