Balkan Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi’nin misyonu; evrensel bilimsel ilke ve yöntemler doğrultusunda, disiplinlerarası bir yaklaşımla Balkanlar üzerine nitelikli bilgi üretmek, geliştirmek ve yaymak; tarihsel, siyasal, sosyal, kültürel ve ekonomik alanlarda akademik araştırmalar yürütmek ve bu araştırmaları ulusal ve uluslararası düzeyde bilim dünyasıyla paylaşmaktır.
Merkez, Türkiye ile Balkan ülkeleri arasında bilimsel, kültürel ve kurumsal iş birliğini güçlendirmeyi; ortak projeler, bilimsel etkinlikler ve akademik platformlar aracılığıyla karşılıklı bilgi alışverişini teşvik etmeyi ve bölgesel barış, karşılıklı anlayış ve sürdürülebilir iş birliğine bilimsel katkı sunmayı temel görevleri arasında görmektedir.
Cumhuriyet’in temel değerlerine bağlı, millî ve evrensel hassasiyetleri gözeten bir anlayışla hareket eden Merkez; eleştirel düşünceyi, akademik özgürlüğü ve toplumsal sorumluluğu esas alarak Türkiye’nin ve Balkan coğrafyasının bilimsel ve kültürel gelişimine katkıda bulunmayı amaçlamaktadır.